慧能身后，禅宗分成菏泽、青原、南岳三大系统。菏泽神会（？—760年），初师神秀，后投于慧能门下，秘密传法后去岭北传教。当时北宗势力正盛，神会在滑台（今河南滑县）大云寺举行大会，论定达摩一宗的法统，评定南北是非，力争正统，攻击北宗没有得弘忍衣钵，不是正系。批评北宗“师承是旁，法门是渐”，造成了慧能是达摩以来的直接继承者的印象，使南宗势力大增，北宗从此门庭冷落。神会也被尊为七祖，其法统为菏泽宗。弟子有无名、法如等，三传至圭峰宗密，提倡禅教合一。宗密为华严宗传人，菏泽宗至此中绝。
南岳怀让（677—744年），少年出家，在曹溪随慧能学教15年，后往南岳传法。弟子中以道一最为著名。道一（709—788年），俗姓马，后世称马祖。年幼出家，在南岳结庵而居，终日坐禅。怀让问曰：“大德坐禅图什么？”道一答：“图作佛。”怀让乃取一砖在地上磨。道一问：“磨砖作么？”怀让答：“磨作镜”。道一惊异地问：“磨砖岂得成镜耶？”怀让反问：“磨砖既不能成镜，坐禅岂得成佛耶！”[39]道一由此顿悟，深得怀让禅法，往福建、江西一带建立丛林，聚徒说法，弟子众多，禅宗至此大盛。马祖的高徒有怀海（720—814年），在洪州百丈山（今江西奉新）创立禅院，并制定“禅门规式”，为后代奉为圭臬，是为“百丈清规”。唐末五代，怀海的弟子灵祐（771—851年）嗣法，长住潭州沩山（今湖南宁乡）弘道；灵祐的弟子慧寂（814—890年）在袁州（今江西宜春）仰山接化，师资相承，别开一派，称沩仰宗，五代时繁兴一时，至宋4代而亡。怀海的又一弟子希运（？—855年），住高安（今属江西）黄檗山，有弟子义玄（？—867年），在镇州（今河北正定）滹沱河畔建临济院，别成一大宗派，称临济宗。到宋代成为禅宗中最发达的流派。