《经籍考》反映了马端临具有明确的文献学史的思想，其《总叙》列举前代史传之有关文献的论述和文献分类上也有自己的特点。举史部为例，它以“正史各门”包含正史、编年、起居注3类，以“杂史各门”包含杂史、杂传（传记）、霸史伪史、史评史钞4类，以“故事各门”包含故事、职官、刑法、地理、时令、谱系（谱牒）、目录7类。以上，史部共分为3门14类，反映了马端临独到的文献分类思想。他论杂史、杂传的性质与联系，可见其一斑。他说：
杂史、杂传，皆野史之流出于正史之外者。盖杂史，纪志、编年之属也，所纪者一代或一时之事；杂传者，列传之属也，所纪者一人之事。然固有名为一人之事，而实关系一代一时之事者，又有参错互见者。前史多以杂史第四，杂传第八，相去悬隔，难以参照。今以二类相附近，庶便检讨云。[30]
马端临对杂史、杂传内涵的界定，以及一代之事、一时之事、一人之事的区别和联系，还有对于前史分类的不愿苟同，都反映出了他丰富的历史文献学思想。
要之，后人以《通典》、《通志》、《通考》称为“三通”，固有一定的道理。但追本溯源，《通志》意在继承司马迁的事业，而《通考》则是《通典》业绩的光大。从总的方面看，《通志》和《通考》在历史思想上都赶不上《史记》和《通典》，但它们和《通鉴》一样，在继承、发展中国史学的“通史家风”方面，成就和影响都是很大的。