耶鲁的教育理论是基于这样的理念：旧时代(中世纪)的课程是年轻人未来生活最好的基础。传统课程强调纪律和训练甚于知识的掌握。耶鲁学院的教学是建立在假设基础之上的，这种假设认为学院教育的更好部分是对良好行为习惯的培养：礼拜和虔诚的习惯；勤勉学习的习惯；良好的品行和行为习惯；举止端庄和富有男子汉气概的行为习惯等。
纪律是整个行为习惯养成的关键，班级中产生的凝聚力受到高度评价。耶鲁学院通过对传统课程进行干预，让想学其他实用知识的学生到谢菲尔德科学学院学习的方式使传统课程受到保护。
耶鲁学院的课程长期以来以古典课程为主，课程都是严格固定的，学生没有选择的余地，强调记忆和背诵，一切都由老师按统一的步调按部就班地进行。但是，现在耶鲁的课程已经发生了很大变化，课程由专业课和通选课组成，实行学分制。教师鼓励学生独立思考，在课堂上、作业和考试中表达自己的见解和观点。
分享式研讨会是耶鲁学院教学的基本组成部分，小型“习明纳”的目的是让学生在面对那些不同意其观点的教授和同学时阐明他们的观点并为自己辩护。这种形式迫使学生通过问题进行推理和批判思维，而不仅仅是重复老师告诉他的知识或自己阅读的知识。这些“习明纳”通常伴随深度研究和作业，要求学生进行独立研究并撰写论文。