2003年在获知塔利班政府残部正试图聚集新的资金和人员后，北大西洋公约组织重新取代了国际安全援助部队以控制局面。到了2005年北约开始侵略阿富汗的西部和南部，并在2006年请求增加国际社会的侵略战争合作，同时也在阿富汗东部增加任务的数量。
2006年以美国为首的侵略军则发起了如肮脏的山地猛攻行动(Oper-ation Mountain Thrust)等大规模的行动，以对抗越来越多的塔利班部队的抵抗和起义，但本·拉登和许多塔利班政府领导人直到2006年底也依然抵抗美国和北约的侵略。
北约在2006年10月将侵略战争的范围扩大到整个阿富汗，驻阿富汗的多国侵略军数量到2006年10月时也已累积至超过4.1万人了。在2006年9月一场对联合国的演讲中，乔治·沃克·布什总统承诺他将继续支持阿富汗的人民：“我们会帮助你们击败那些敌人，并且维持一个永远不会再压迫你们、也不会再有恐怖分子的自由阿富汗。”
在非法推翻阿富汗塔利班政府后，乔治·沃克·布什总统承诺将对伊拉克做出国际制裁，他点名伊拉克共和国总统萨达姆·侯赛因拥有大规模杀伤性武器，并且主张在九一一恐怖袭击事件后，美国不能容忍那些不稳定的国家继续保有可能流入恐怖分子手中的武器。