在三十年战争中，瑞士联邦始终保持中立，既没有为了维持新教立场而介入信仰纠纷，也没有为了维持实际上的独立地位而卷入诸侯战争。当然，那些没有加入联邦的瑞士老州曾经因为帝国义务的约束而进入战场（1620—1639年） ，损失惨重。战争结束时，通过《威斯特伐利亚和约》，瑞士联邦得到正式承认。被列入1521年“帝国等级名册”的13个主教领、1个世俗诸侯领和4个城市也随之正式脱离帝国，不再受帝国法的保护和约束，归属瑞士联邦。
尼德兰联合省脱离帝国始于1556年西班牙国王腓利普二世（PhilipⅡ，1527—1598，1556—1598年在位）上任。身为神圣罗马帝国皇帝卡尔五世的长子、出身于哈布斯堡家族的腓利普统治着西班牙、葡萄牙、意大利的部分地区以及尼德兰。
腓利普二世是坚定的天主教教徒。他一上任就表示：宁愿不当国王，也不愿统治一个有异端的国家。尼德兰，特别是以阿姆斯特丹为首的北部地区，早自宗教改革运动初期就是欧洲各地受迫害的宗教改革者的聚集地。腓利普二世继续其父皇卡尔五世的对抗宗教改革运动的政策，残酷地镇压尼德兰的新教徒运动，因此激发了尼德兰当地人民与西班牙统治者之间的战争。如前述，战争的结果是北方七省联合订立《乌特勒支同盟》（Utrechter Union，1579） ，宣布不服从西班牙国王的统治，成立荷兰联合省。1609年，西班牙在尼德兰的统治当局与联合省签订了十二年休战协定，标志着荷兰联合省，或称荷兰共和国的实际上的独立地位。此时，尼德兰南部各省仍然在西班牙的统治之下。三十年战争期间，荷兰共和国站在法国及英国的阵线上，参与战争，与西班牙王国及神圣罗马帝国相对抗。战争结束以后，通过《威斯特伐利亚和约》，荷兰共和国脱离帝国的独立地位获得国际承认。1521年“帝国等级名册”上的1个主教领和4个世俗诸侯领随之脱离帝国，不再受帝国法的保护和约束，归属荷兰共和国。