回到家乡的阿那克萨哥拉，创办了一个学院。按照他的遗嘱将每年自己死去的那一天定为学校假日。
阿那克萨哥拉认为，每一件事物都是由更小的事物组成的，表现在我们面前的是它包含其他事物最多时的状态。他反对虚空论，认为至少空气是无处不在的。
他认为生命的一切都是由心支配的。除了心之外，其他事物都是由其他更小的事物组成，只有心是最纯粹的。其他事物中可以包含心，但是心只包含自己。他还认为心有无穷的力量，能支配一切生命，包括自己。
心不但支配生命，还操纵一切。它策动了万物的运动，并最终将轻浮的事物展现在表面，而将沉重的事物藏在心底。在善良方面，人的心与动物的心是一样的。人类最大的优势在于长了一双灵巧的手，得以将心中的智慧展现。
亚里士多德认为，心只是事物的一种因，但并不是唯一的。阿那克萨哥拉则偏执地认为它是唯一的，于是很多解释也就显得牵强。
阿那克萨哥拉的学说没有受到宗教元素的影响，充满了科学和理智。他本人是一个无神论者，不相信有天意。这一点上，他不像毕达哥拉斯，毕达哥拉斯影响了苏格拉底，苏格拉底又影响了柏拉图，把大量的宗教元素掺入到希腊哲学中。